Il Battistero attuale fu costruito nel 1734 su disegno di Angelo Brunello (1696-1756), architetto locale nativo di Ospedaletto Euganeo. Sostituisce un antico Battistero romanico del XII secolo di cui restano i muri perimetrali sotto il sagrato.
E’costruito come luogo distinto e separato dal Duomo: il battezzato entrava dall’ingresso esterno e veniva introdotto successivamente nella navata della chiesa, intesa come la comunità dei battezzati.
E’ un edificio a pianta quadrata.
Al centro si trova il Fonte Battesimale, costituito da un monolito di marmo rosso di Verona, scolpito a forma ovoidale che si conclude ad ottagono sui bordi superiori, antico richiamo ai battisteri paleocristiani che nel numero otto volevano significare il giorno della Risurrezione e della nuova creazione.
Nella parte superiore c’è un Ciborio a cupola sagomata ottagonale opera di pregio della fine del Cinquecento o primi del Seicento. In cima è posta un’elegante statua di San Giovanni Battista.
Nella nicchia a destra é stata posta la Croce Processionale in legno dorato e policromo, detta della Dottrina del Duomo, con una piccola scultura dell’Annunciazione sul davanti e un Crocifisso curato nei minimi particolari. Fu eseguita nel 1753 per la Congregazione delle Donne della Dottrina Cristiana, rarissimo esempio di croce processionale che abbina l’Annunciazione del Signore con il Cristo crocifisso e la Croce albero della vita.
Sopra il crocifisso una tavola ad olio dell’estense Antonio Morato (1903-1989), eseguita nel 1932, raffigurante il Battesimo di Gesù. All’ingresso un elegante cancello del 1900 in ferro e decori in ottone.
Nella sua visita del 1732 il vescovo Minotto Ottoboni aveva ordinato che si riparasse quanto prima la cappella del battistero antico oppure la si riedificasse, essendo cosi sconnessa da minacciare rovina. I canonici nella riunione del 3 ottobre 1732 presero in considerazione solo l’ipotesi della ricostruzione.
Dell’antico Battistero (dedicato a San Giovanni Battista, costruito probabilmente tra il X e il XII secolo) si sono ritrovati nel 1986, poco discosto dall’attuale edificio, sotto il lastricato del piazzale, metà del muro absidale circolare, il pilastro destro e una parte della parete destra, tutti costruiti con mattoni romani e poche aggiunte medievali. Le parti visibili, rilevate e misurate, hanno permesso di individuarne la pianta quadrangolare (circa 7 metri e mezzo di lato) con una absidiola semicircolare rivolta ad oriente e tre nicchie sulle corrispondenti pareti interne, derivate dalla composizione dei quattro pilastri che sostengono gli archi corrispondenti; sulla parete occidentale doveva esserci la porta d’ingresso e probabilmente un portico. Tale facciata era prospiciente alla piazza antica, ed evidentemente non era coperta e oscurata dalla gran mole del campanile. Era il battistero descritto e misurato dal vescovo Barozzi nel 1489, ricoperto da una cupola che aveva nei quattro pennacchi le figure affrescate degli Evangelisti, e sulla volta il Cristo benedicente. Le misure date dal Barozzi corrispondono fedelmente ai dati ricavati dalla ricostruzione grafica dell’edificio rilevato negli scavi.
Nel 1489 il Battistero conservava ancora nell’absidiola un Altare ritenuto antichissimo, e che una pia tradizione locale voleva «essere stato il primo altare consacrato da San Prosdocimo nella diocesi patavina», ricordo leggendario ma significativo perché voleva collegare idealmente la comunità cristiana atestina alle sue perdute memorie dei primi secoli cristiani. Una confraternita appositamente fondata e dotata di beni, si prendeva cura sia dell’altare di San Giovanni Battista che del fonte battesimale.
Purtroppo Battistero antico venne demolito nel 1733, perché aveva effettivamente problemi di statica dovuti agli scavi adiacenti delle fondazioni del Duomo ed era praticamente seminterrato: il suo pavimento infatti veniva a trovarsi più di un metro e mezzo sotto il livello del sagrato, e si arrivava al Fonte «discendendo», per poi «salire» in chiesa dopo il battesimo: sarebbe stata una testimonianza eccezionale del simbolismo del battesirno, ma non venne conservata.
Nell’atrio del Battistero si osserva a sinistra la porta in legno di larice del Duomo cinquecentesco,. A fianco sulla parete, in una ricca cornice marmorea scolpita dall’estense Pietro Rizzo nel 1924, è infissa una lapide che ricorda i benefattori del Duomo. Sulle pareti alte sono esposti tre dipinti:
Un grande dipinto (olio su tela) con cornice originale, dei primi anni del Settecento, restaurato nel 2005, proviene dal presbiterio della chiesa di Santo Stefano, e raffigura la Cena dei Discepoli in Emmaus.
Sopra la porta del battistero una tela che ornava fino al 1958 la navata della demolita chiesa di San Girolamo: raffigura il Battesimo di San Girolamo adolescente. Faceva parte di una serie di sette dipinti della seconda metà del Seicento che narravano la vita del santo: uno è esposto sempre nel Duomo presso l’altare di Sant’Antonio (Miracolo con la veste di San Girolamo).
Sulla parete sinistra, sopra la porta di uscita: una tela sempre proveniente da San Girolamo, raffigura la Liberazione di un ’ossessa.